Tata Bangunan berbentuk solid yaitu saling berkesinambungan. Terdiri dari bangunan Induk (utama) Museum dan Pendopo yang bergaya indische empire style. Pendopo ditopang empat soko guru, 12 soko rowa dan 20 soko emper. Sementara bangunan induk bergaya rumah tinggal kolonial simetris memiliki 2 teras samping kanan dan kiri, 2 teras depan dan belakang serta 4 kamar yang dikelompokkan di sebelah kanan dan kiri sehingga bagian tengah menjadi ruang utama. Bangunan tersebut ditopang dengan pilar – pilar doria dengan emperan tiang besi. Bangunan ini terkesan berarsitektur khas Jawa dengan pendopo besar di bagian depannya, namun sebenarnya ada unsur kolonial dari bangunan itu, yaitu pada bagian kolomnya. Kolom-kolom bergaya Eropa terbuat dari bahan campuran kapur dan pasir. Ada 20 pilar putih polos, 10 pilar putih besar bergerigi, dan 4 pilar utama berbentuk soko guru dari kayu jati. Ciri khas rumah jawa adalah ruang utama dan toilet (pakiwan) yang terpisah. Adapun toilet tambahan yang menyatu dengan bangunan utama dibangun saat RA. Kartini hamil untuk mempermudah akses dari kamar.
Bangunan ini merupakan bangunan yang kokoh dan handal, karena memiliki struktur bangunan yang kuat untuk menopang beban bangunan. Disamping itu, pola sirkulasi udara bangunan ini juga bisa disebut cukup penghawaannya terutama bangunan pendopo yang memang didesain sebagai ruang terbuka. Sementara bangunan induk mempunyai ventilasi (lubang angin) dan jendela berjalusi/krepyak yang cukup memadai. Ciri khas originalitas bangunan ini juga terletak pada penggunaan tegel lama motif geometris, polosan dan bertekstur. Bagian atap Pendopo berupa tajug dengan model langit-langit tumpang sari yang menandakan keistimewaan bangunan tersebut sebagai bangunan dengan tingkat stratifikasi paling tinggi. Hal ini dikarenakan atap berbentuk tajug memang digunakan untuk bangunan sakral maupun privat dengan tingkat keistimewaan. Bagian langit-langit bangunan pernah mengalami perubahan dari bahan anyaman kulit bambu diganti papan kayu jati. Bagian atap bangunan induk berupa atap limasan yang kokoh namun menunjukkan ciri kemegahannya.
Ditinjau dari aspek estetika bangunan, Pendopo dan Bangunan Induk Museum RA. Kartini memiliki kualitas keindahan sebuah bangunan karena terdapat beberapa detail bangunan yang menjadi ciri khasnya. Sementara apabila ditinjau dari sisi keluarbiasaan dan kelangkaan bangunan dianggap cukup memadai. Hal ini dikarenakan penilaian terhadap kondisi fisik bangunan tersebut dianggap mudah dikenali sebagai ciri bangunan tempat tinggal penguasa, memiliki luas bangunan yang cukup besar diantara bangunan lainnya dalam kawasan tersebut, namun tinggi bangunan diantara bangunan yang lain pada kawasan tersebut dianggap kurang menonjol pada saat ini karena banyaknya bangunan baru.