Situs Perahu Kuno di temukan di Desa Punjulharjo Kecamatan Rembang Kabupaten Rembang, Jawa Tengah. Wilayah penemuan ini berbatasan dengan Kecamatan Lasem. Lokasi situs Perahu Kuno Punjulharjo ini dapat dicapai dari kota Rembang menuju arah kota lasem sepanjang sekitar 6 km, kemudian berbelok ke arah utara sejauh 1 km. Situs tempat ditemukannya Perahu Kuno ini berada sekitar 500 m dari garis pantai Karangjahe. Kondisi lingkungan di sekitar lokasi perahu ini berupa tembak-tambak garam milik penduduk sekitar. Di sebelah timurnya, terdapat dua sungai lama yaitu dimuara sungai-sungai tersebut terdapat pelabuhan lama yaitu di muara Sungai Kiringan yang diperkirakan merupakan Pelabuhan Masa Majapahit dan muara Sungai Babagan (Sungai Lasem) merupakan pelabuhan masa Kolonial hingga Jepang.
Perahu kuno ini ditemukan pada hari sabtu tanggal 26 Juli 2008 tepatnya jam 07.30 pagi. Kronologis penemuannya adalah salah satu warga Desa Punjulharjo pada saat itu sedang mencangkul untuk membuat tambak garam dengan kedalam 2 meter. Pada saat mencangkul tanah sedalam 1,5 meter, cangkul yang dipakainya mengenai sesuatu. Ternyata setelah ditelusuri membentuk sebuah kapal yang berukuran 15,2 x 4,7 m. Temuan ini tegolong temuan yang masih utuh.
Dalam kerangka sejarah maritim di nusantara, Perahu Kuno Punjulharjo merupakan temuan yang sangat penting. Dan dapat disimpulkan bahwa perahu tersebut digunakan untuk keperluan pelayaran jarak jauh, seperti halnya sebagai lintas perdagangan antar pulau dari Sulawesi membawa barang – barang untuk dijual di Pulau jawa dan demikian pula barang – barang dari Jawa dijual ke Sulawesi, Sumatra, Kalimantan, maupun mancanegara.
Pada saat ditemukan di dalam perahu ini juga terdapat kepala arca wanita berparas etnis Tionghoa yang terbuat dari batu, patahan tongkat komando, tulang manusia, dan sejumlah peralatan dapur. Saat ini, benda-benda sedang dikonservasi oleh Balai Konservasi Borobudur dan nantinya setelah proses konservasi selesai akan didisplay berdampingan dengan perahu kuno tersebut.
Situs Perahu Kuno merupakan situs bersejarah yang sudah dikenal baik lokal maupun manca negara. Bahkan temuan perahu kuno merupakan temuan kapal paling komplit se-Asia Tenggara, karena kondisi pada lambung bawahnya masih utuh, dibanding dengan temuan di sejumlah wilayah lain seperti di Sumatera dan juga di negara lain seperti Malaysia dan Filipina. Oleh karena itu, pemerintah telah berupaya menetapkan Perahu Kuno ini menjadi Benda Cagar Budaya dan melakukan konservasi yang telah berakhir pada tahun 2018 ini. Selanjutnya pengembangan akan dijalankan setelah proses pelindungan dan pelestarian selesai.
Dari hasil identifikasi melalui dating radiokarbon pada tali ijuk yang terdapat pada perahu tersebut, jenis perahu berasal sekitar abad ke 7 dan 8 setara dengan pembangunan Candi Borobudur. Sementara ini adalah penemuan kapal kayu paling tua di Indonesia. Teknologi yang diterapkan masih memakai pasak dan tali ijuk untuk menyambungkan perbagiannya.